Ayah Syarif Hidayatullah adalah seorang penguasa Mesir, putera dari Ali Nurul Alim bin Jamaluddin Akbar al-Husaini, seorang keturunan dari Sayyid Abdul Malik Azmatkhandan Alwi Amir Fakih Mesir. Pada masa lalu terdapat puluhan naskah yang menjelaskan tentang silsilah Syarif Hidayatullah yang diklaim oleh beberapa pihak dan menimbulkan Tidak ada bukti sejarah yang meyakinkan tentang keturunan Maulana Malik Ibrahim, meskipun secara umum diterima bahwa dia bukan orang Jawa asli. Nama Syekh Maghribi yang diberikan kepadanya oleh masyarakat kemungkinan merujuk pada asal-usulnya di Maghreb atau Maroko di Afrika Utara. Dalam pembacaan J.P. Moquette pada prasasti makam Maulana Malik Ibrahim di Desa Gapuro Sukolilo, Kecamatan Gresik, Kabupaten Gresik. menyatakan bahwa Maulana Malik Ibrahim yang dikenal sebagai Sunan Gresik berasal dari Kasan, suatu tempat di Timur Tengah yang sekarang disebut Iran. .

silsilah keturunan maulana syaikh